«ما هر چه خاطره از آقای ریشهری داریم، خاطرهی نیک است.» این سخنان اولین جملهای است که حضرت آیتالله خامنهای پس از اقامه نماز بر پیکر این عالم مجاهد بیان کردند.
رهبر انقلاب اسلامی شامگاه سوم فروردین، با حضور در کنار پیکر مرحوم آیت الله محمدی ریشهری، بر پیکر این عالم ربانی نماز اقامه کرده و سپس در جمع اعضای خانواده و برخی نزدیکان این مرحوم، طی سخنان کوتاهی، سوابق وزارت و قضاوت و خدمات وی در طول دوران انقلاب را منشأ خیر برای نظام دانستند.
حضرت آیتالله خامنهای همچنین به روایت اولین دیدار خود با آقای ریشهری و همچنین جلسات کاری از جمله در دوران وزارت اطلاعات اشاره کرده و فرمودند: «من واقعاً از مجالست و مصاحبهی با ایشان محظوظ میشدم و لذّت میبردم؛ چرا که ایشان در راه و در کار و علاقهمند و معنوی بودند».
رهبر انقلاب اسلامی در پیام تسلیت به مناسبت درگذشت حجتالاسلاموالمسلمین ریشهری نیز با اشاره به تقوا و سلامت نفس و مجاهدت مستمر این روحانی انقلابی، و همچنین تنوع عرصههای مجاهدت این عالم ربانی کمنظیر، فقدان وی را ضایعهای تلخ و اندوهبار توصیف کرده بودند.